Фахівці декількох дослідницьких інститутів Великобританії порівняли достовірність і точність двох наборів даних, незалежно оцінюючи методологію їх створення та отримані результати. Їх висновки, опубліковані у виданні Nature Communications, свідчать про те, що обидва масиву можуть бути об’єднані для формування найбільшого генетичного скринінгу клітинних ліній раку, який ляже в основу Карти вразливостей раку (Cancer Dependency Map), що включає близько 1 000 моделей онкологічних захворювань. Масштаб цього об’єднаного масиву даних допоможе прискорити відкриття і розробку нових ліків від раку.
Хочете дізнатися вартість лікування раку за кордоном?
Розрахувати вартість лікування
* Отримавши дані про захворювання пацієнта, представник клініки зможе розрахувати точну ціну на лікування.
За словами авторів проекту, розуміння взаємозв’язку між генетичними змінами, характерними для злоякісних клітин, і їх вразливістю дозволяє вченим визначати нові лікарські мішені і генетичні маркери для підбору індивідуального лікування для конкретного пацієнта.
Мета проекту Cancer Dependency Map — каталогізувати і ідентифікувати біомаркери генетичної уразливості і чутливості до лікарських препаратів в сотнях моделей пухлин, щоб прискорити розробку таргетних методів лікування. Він містить два ключових елементи: це картування генів, критично важливих для виживання ракових клітин, і аналітика отриманих даних.
Незважаючи на значні успіхи в дослідженнях раку, для того щоб зробити точну медицину широко доступною для онкологічних хворих, потрібно багато нових мішеней, на які можна було б впливати лікарськими препаратами. Щоб знайти ці мішені, автори Cancer Dependency Map беруть пухлинні клітини у пацієнтів для створення клітинних ліній, які можна вирощувати в лабораторії.
Провідні клініки в Ізраїлі
Ізраїль, Тель-Авів
Звернутися в клініку
Ізраїль, Тель-Авів
звернутися в клініку
Ізраїль, Єрусалим
звернутися в клініку
Потім вони використовують технологію CRISPR-Cas9 для редагування генів в цих ракових клітинах, по черзі «вимикаючи» їх, щоб оцінити їх важливість для виживання злоякісного новоутворення. Результати цих експериментів показують, які гени з найбільшою ймовірністю можуть стати перспективними мішенями для ліків.
В новому дослідженні вчені проаналізували дані двох недавно опублікованих генетичних скринінгів, проведених з використанням CRISPR-Cas9 на клітинних лініях раку. Незважаючи на значні відмінності в експериментальних протоколах, команда виявила, що результати скринінгу були ідентичні і не суперечили один одному. Важливо відзначити, що в обох наборах даних були виявлені одні і ті ж гени, необхідні для виживання пухлин, відомі як уразливості.
« Це перший аналіз такого роду і він по-справжньому важливий для всіх вчених, що займаються вивченням раку, — говорить ще один учасник дослідження Авіад Черняк. — Ми не тільки відтворили загальні та специфічні взаємозалежності між двома масивами даних, але і взяли біомаркери уразливості генів, виявлені в одному наборі даних, і відновили їх в іншому. Наш аналіз був неупередженим, ретельним і доводить достовірність як самого підходу, так і виявлених лікарських мішеней ».
У 2013 році результати порівняння двох великих фармакогеномного масивів даних із застосуванням моделей раку, використаних в цьому дослідженні, викликали стурбованість з приводу відтворюваності проведених експериментів. Подальший незалежний аналіз в кінцевому підсумку довів, що ці два джерела коректні і достовірні, відновлюючи впевненість в надійності великомасштабних лікарських скринінгів, але цей епізод забарився прогрес в дослідженнях раку.
Хочете дізнатися вартість лікування раку за кордоном?
Розрахувати вартість лікування
* Отримавши дані про захворювання пацієнта, представник клініки зможе розрахувати точну ціну на лікування.
Нинішнє дослідження підтверджує можливість відтворення функціональних генетичних скринінгів за допомогою CRISPR-Cas9, що виключає будь-які сумніви в їх ефективності. Воно встановлює суворі стандарти оцінки цих нових типів наборів даних, полегшуючи порівняння і інтеграцію великих баз даних, що стосуються вразливості пухлин.
«Варто розуміти, що, коли ці масиви даних були спочатку створені, ми мали справу з новою, неперевіреною технологією. Це дослідження важливо, тому що воно демонструє надійність експериментальних методів і достовірність отриманих з їх допомогою даних, — відзначає доктор Франческо Іоріо з Центру вивчення генома ім. Сенгера. — Це також означає, що два великих набору даних про уразливість ракових клітин, які ми проаналізували, сумісні. Об’єднавши їх, ми зможемо забезпечити набагато більшу статистичну потужність дослідження, щоб звузити список мішеней для створення протиракових препаратів нового покоління ».